Se o paciente tiver uma indicação de cirurgia de epilepsia, é realizada uma avaliação pré-operatória. A avaliação pré-operatória inclui uma avaliação não-invasiva (fase I) e uma avaliação invasiva (fase II). A fase I inclui história médica, tratamento passado, exame neurológico, testes neuropsicológicos, avaliação psiquiátrica e psicossocial, EEG interictal e interictal, imagens estruturais tais como TC e RM, e imagens funcionais tais como magnetoencefalografia (MEG), espectroscopia de ressonância magnética (MRS), imagens de RM funcional (fMRI), tomografia computorizada por emissão de fóton único ( SPECT) e tomografia computorizada por emissão de pósitrons (PET). Se o foco epiléptico puder ser identificado durante a avaliação da fase I, o paciente pode prosseguir directamente para a cirurgia. Se o foco epileptogénico não puder ser identificado durante a avaliação da fase I, então é necessária uma avaliação da fase II. A avaliação da fase II inclui monitorização invasiva do EEG, que é conseguida através da colocação de eléctrodos nas áreas subdural, epidural, e cerebral profunda; uma avaliação posterior é feita com testes de barbitúricos (teste Wada).