O tratamento dos quistos sacros inclui geralmente tanto o tratamento conservador como o tratamento cirúrgico. Para doentes com sintomas ligeiros, são geralmente adoptadas medidas de tratamento conservadoras, e a pomada fotalina sintomática pode ser aplicada localmente para aliviar a dor local, ou óleo de açafroa ou água ortopédica pode ser aplicada localmente para melhorar a circulação sanguínea local e assim aliviar os sintomas da dor, e para aqueles com dor óbvia, podem ser tomados oralmente medicamentos anti-inflamatórios não esteróides tais como Aceclofenac, Diclofenac ou Celecoxib, entre os quais Celecoxib tem a menor irritação para Para aqueles com sintomas mais graves, se o cisto sacral for grande e causar uma forte pressão local ou sintomas nervosos, ou se o cisto sacral aumentar subitamente de tamanho num curto período de tempo, é necessária uma cirurgia.