Os pequenos quistos no fígado normalmente não requerem tratamento especial, mas apenas check-ups e seguimentos regulares. O tratamento dos quistos hepáticos deve depender do seu tamanho, natureza e da presença ou ausência de complicações. Se o quisto tiver cinco centímetros de diâmetro e houver pressão, a perfuração e aspiração guiadas por ultra-sons podem ser usadas para aliviar a pressão. Se o doente tiver um quisto hepático infectado, é aconselhável uma drenagem externa o mais rapidamente possível. É necessário um tratamento cirúrgico quando surgem complicações, tais como ruptura do quisto, torção do quisto, hemorragia intracapsular ou se o quisto for enorme e comprimir os órgãos adjacentes. O tratamento cirúrgico deve envolver a remoção completa do cisto, se possível, ou se tal não for possível, a remoção subtotal ou a remoção de pelo menos 1/3 da parede do cisto para permitir a drenagem do líquido cístico para a cavidade abdominal.