Os quistos cerebrais são tratados de forma diferente dependendo do tipo de cisto. i. Cistos Aracnoides, se não causarem sintomas clínicos, é suficiente um acompanhamento regular; se ocorrer hemorragia intracapsular ou subdural, ou se se desenvolverem aumentos agudos da pressão intracraniana, deve ser realizada uma cirurgia de emergência; se ocorrer uma disfunção neurológica limitada, tal como perturbações motoras e visuais e convulsões recorrentes, deve também ser realizada uma cirurgia agressiva. Os princípios da cirurgia são remover o máximo possível Os princípios da cirurgia são de remover o máximo possível da parede do cisto e permitir que o cisto comunique com o espaço subaracnoideo. Em segundo lugar, no caso de cistos colóides do terceiro ventrículo, o tratamento cirúrgico é aconselhável, uma vez que a doença não é sensível à radioterapia e não pode ser controlada através do aumento dos cistos. A perfuração e aspiração de cistos estereotáxicos pode ser utilizada, o que é menos arriscado e tem bons resultados recentes, mas tem uma elevada taxa de recorrência de quistos. A microcirurgia pode ser considerada como a opção preferida, com uma baixa taxa de recorrência e bons resultados após a ressecção. Assim, dependendo do quisto, o seu tratamento varia.