Os pacientes com epilepsia que não seja controlada de forma satisfatória por medicação podem considerar o tratamento cirúrgico para conseguir o controlo das convulsões, actualmente baseado no critério de se as convulsões afectam a qualidade de vida do paciente. Os critérios gerais de selecção de pacientes cirúrgicos são: convulsões limitadas; medicação regular ineficaz e nenhuma tendência de remissão durante mais de 2 anos; as convulsões afectam seriamente a qualidade de vida do paciente; o estado físico e mental do paciente pode cooperar com a conclusão da avaliação pré-operatória e reabilitação pós-operatória; a lesão que causa a epilepsia não se encontra na importante área funcional do cérebro e a cirurgia não trará uma incapacidade significativa ao paciente; verifica-se que o cérebro tem uma lesão clara por TC, ressonância magnética, etc. Os pacientes com focos epilépticos podem ser removidos por cirurgia. Para além das indicações de cirurgia, devem ser seleccionados diferentes métodos cirúrgicos de acordo com a condição do paciente.