As doenças auto-imunes são doenças causadas pela resposta imunitária do organismo aos seus próprios antigénios, resultando em danos nos seus próprios tecidos. O corpo tem uma grande resposta imunitária, e quando há algumas bactérias estranhas, vírus, parasitas, fungos, etc. que invadem o corpo, há rejeição e ataque, que é o fenómeno imunitário. Em alguns casos específicos, quando o organismo está infectado com determinadas doenças ou quando existe um defeito nas forças imunitárias do organismo, é realizada uma resposta imunitária contra o próprio organismo, resultando em doenças auto-imunes, que se caracterizam pela produção de anticorpos no sangue contra os seus próprios componentes. Exemplos incluem a doença de Graves, lúpus eritematoso sistémico, artrite reumatóide, etc. As doenças auto-imunes também podem ser causadas por uma resposta auto-imune nos órgãos endócrinos do corpo. A glândula tiróide é um dos órgãos endócrinos mais importantes. As doenças auto-imunes comuns da tiróide incluem a doença de Graves, a tiroidite de Hashimoto e o hipotiroidismo idiopático. A presença de auto-anticorpos não é o mesmo conceito que a doença auto-imune. Os auto-anticorpos podem estar presentes em pessoas sem doença auto-imune, tais como anticorpos para células epiteliais da tiróide, anti-tiroglobulina e ADN celular. Os danos ou alterações nos antigénios podem desencadear a produção de auto-anticorpos.