O nível geral de dor nos doentes submetidos a colonoscopia é médio. Estudos clínicos demonstraram que o facto de a colonoscopia ser dolorosa e a gravidade da dor estão relacionados com o método de exame, a familiaridade do examinador e a situação individual do doente nas mesmas condições de colonoscopia, não podendo ser generalizados. Atualmente, na China, a colonoscopia é realizada principalmente por uma única pessoa e o doente pode sentir dores abdominais ligeiras durante o exame. Os doentes que estão particularmente nervosos ou que foram submetidos a uma cirurgia abdominal para a deteção de aderências intestinais, bem como as crianças mais pequenas, podem ser anestesiados para a realização de uma colonoscopia indolor, o doente pode completar o exame em mais de dez minutos, o processo de exame é geralmente indolor e menos arriscado, mas o custo do exame aumenta. Além disso, o nível de funcionamento do médico examinador tem um certo impacto na dor do doente: se o nível de funcionamento do médico for elevado, minimizará o número de vezes que o colonoscópio puxa a parede intestinal e reduzirá o desconforto do doente. Os doentes com obstipação frequente têm um cólon longo e curvo, pelo que sentem mais dor do que os doentes com diarreia. Os doentes com antecedentes de cirurgia abdominal e pélvica que necessitem de colonoscopia devem consultar um médico com alguma experiência na realização do procedimento, o que pode reduzir em certa medida o desconforto. As pessoas que têm dificuldade em efetuar uma endoscopia simples devem optar por uma colonoscopia indolor.