Embora os quistos ovarianos sejam um tumor ginecológico muito comum nas mulheres, a possibilidade de malignidade não pode ser excluída e, portanto, precisam de ser diagnosticados e tratados prontamente uma vez detectados. Nesta fase, as principais opções de tratamento dos quistos ovarianos são a cirurgia e a medicação. O tratamento cirúrgico inclui cirurgia minimamente invasiva e cirurgia aberta, enquanto a medicação é utilizada para controlar o crescimento do tumor. O tratamento específico para os quistos ovarianos depende da idade da mulher, do tamanho e da natureza do tumor, se ela tem ou não necessidades de fertilidade e da taxa de crescimento do tumor. Se o cisto for fisiológico e de tamanho inferior a 5cm, não é normalmente necessário nenhum tratamento específico e só é necessário um acompanhamento regular. No entanto, se o cisto for maior que 5cm, pode comprimir os órgãos adjacentes e causar uma série de alterações físicas e, portanto, precisa de ser removido cirurgicamente. No caso de quistos malignos dos ovários, não só o tumor será removido, mas também os ovários e o útero terão de ser removidos, dependendo da condição. Para as mulheres com necessidades de fertilidade, os ovários e o útero devem ser preservados tanto quanto possível durante a operação. A medicação pode ser eficaz no tratamento de quistos ovarianos e a pílula pode ser usada para tratar quistos de chocolate ovarianos. O tratamento específico para quistos ovarianos precisa de ser adaptado à condição de cada indivíduo e é importante seguir as instruções do médico e não tomar quaisquer decisões.