O fungo agudo das unhas deve ser tratado o mais rapidamente possível para evitar danos no leito das unhas. Pode ser utilizado um agente antibacteriano de largo espectro que cubra tanto bactérias aeróbicas como anaeróbicas, tais como amoxicilina/ácido clavulânico. Se os sintomas não melhorarem dentro de 48 horas, deve ser instituído um tratamento cirúrgico. A onicomicose crónica é tratada com antifúngicos (os azóis são preferidos) ou medicamentos antibacterianos conforme necessário e o tratamento deve continuar até que a inflamação tenha diminuído e o tubérculo das unhas se tenha reconstruído e aderido à placa das unhas, muitas vezes durante 3 meses. Em pacientes com exacerbações agudas recorrentes, o tratamento com glucocorticóides intra-dérmicos ou sistémicos em combinação com medicamentos antibacterianos sistémicos pode ser dado durante 1 semana. A onicomicose crónica causada pelo cetuximab pode ser tratada com doxiciclina oral a 100mg duas vezes por dia.