O tratamento do desconforto estomacal baseia-se na gravidade dos sintomas, no número de sintomas que os acompanham e na gravidade da condição, e é impossível dizer exactamente qual é o melhor tratamento.
Se os sintomas ocorrem ocasionalmente e são ligeiros, são geralmente devidos a uma dieta e estilo de vida inadequados, e podem ser observados por si mesmos ou regulados por mudanças no estilo de vida. Por exemplo, para a gastrite duodenal-gástrica, podem ser utilizados medicamentos que protegem a mucosa gástrica e melhoram a dinâmica gastrointestinal, tais como a domperidona e o carbonato de alumínio magnésio.