Os cistos do septo hialino não são uma condição muito grave. Está presente em muitas pessoas com ou sem sintomas clínicos. Muitas pessoas não têm sintomas clínicos, e muitas só são detectadas durante um exame físico ou uma TC ou RM da cabeça para outras condições. Um cisto septal hialino é essencialmente uma vesícula de água, que na realidade é líquido cefalorraquidiano normal no crânio, não um tumor ou uma doença vascular, e enquanto o paciente não tiver sintomas clínicos óbvios, não é necessário nenhum tratamento especial. Enquanto o paciente não tiver sintomas clínicos óbvios, não é necessário nenhum tratamento especial. A menos que o paciente sofra de tonturas, dores de cabeça, náuseas, vómitos, distúrbios endócrinos ou outras anomalias, e seja claro que o problema é um cisto septal hialino, então é necessário o tratamento cirúrgico apropriado. Em geral, não é fatal, por isso, em casos clínicos com quistos hialinos, os pacientes são aconselhados a ter revisões regulares, a menos que tenham um impacto nas suas vidas antes de serem submetidos a cirurgia.