O melhor tratamento para os cistos perianais é a cirurgia, por isso não fazer cirurgia não é uma opção. Se a cirurgia não for realizada, o cisto pode ficar infectado e até desenvolver uma fístula em torno do ânus, o que tornaria a cirurgia muito difícil e o ciclo de tratamento mais longo, aumentando a dor e a carga financeira do paciente. Como os abcessos perianais são causados por infecções repetidas devido à inflamação do seio anal, muitas pessoas sofrem de obstipação ou diarreia repetidas, o que pode levar a um aumento da infecção dos tecidos moles perianais. Após o diagnóstico do abscesso perianal ser claro, a incisão e drenagem cirúrgicas devem ser realizadas, exploração detalhada deve ser realizada durante a cirurgia, tratamento anti-infeccioso pós-cirúrgico deve ser sistematicamente administrado, e a doença subjacente deve ser corrigida, e o paciente deve ser aconselhado a aumentar a nutrição e a mudar de medicação regularmente após a cirurgia.