O tratamento da ceratite varia de acordo com a causa, o mecanismo fisiopatológico e a gravidade da lesão. A ceratite bacteriana é geralmente tratada com antibióticos tópicos ou pomadas, tais como levofloxacina e tobramicina, prestando atenção à higiene local e à dosagem regular. A ceratite viral é geralmente tratada com gotas antivirais tópicas tais como ribavirina, gel oftálmico ganciclovir, solução oftálmica aciclovir, etc. Em casos de edema do estroma da córnea, podem ser usadas gotas de glucocorticóides de baixa concentração. Para a ceratite fúngica, são normalmente prescritos colírio anfotericina tópica, fluconazol ou natamicina, bem como cautério com tintura de iodo e, se necessário, antifúngico oral, como o itraconazol. Se o paciente não chega ao hospital a tempo de ser tratado e atrasa a doença, episódios recorrentes da doença podem causar cicatrizes na córnea, especialmente se a cicatriz afecta a visão e requer um transplante da córnea numa fase posterior. Se a inflamação não for efectivamente controlada, podem ocorrer reacções da câmara anterior, aderências pupilares, perfuração da córnea ou endoftalmite, mesmo que seja necessária uma cirurgia de remoção dos olhos. A ceratite também pode ser causada por uma resposta imunitária local e pode ser tratada com baixas concentrações de gotas de glicocorticóides combinadas com medicação protectora da córnea. Em resumo, a ceratite pode ser causada por infecções virais, bacterianas ou fúngicas, ou pode ser uma resposta imunológica, e o tratamento deve variar dependendo da causa.