As opções de tratamento dos quistos renais calcificados precisam de ser determinadas pelo tamanho do quisto. Se o cisto renal for pequeno e a função renal for normal, é suficiente um ultra-som urológico regular ou uma TC urológica para observar o tamanho do cisto e a função renal e não é necessário nenhum tratamento especial. Se o cisto renal for calcificado e o cisto for maior que 4cm, pode tornar-se maligno, sangrar, infectado, rompido, comprimido e causar hidronefrose ou função renal anormal se não for tratado, e pode causar dor e desconforto nas costas, pelo que a descompressão cirúrgica pode ser realizada para reduzir os danos na função renal.