O tratamento de um quisto sublingual é a remoção cirúrgica da glândula sublingual. Se o quisto não for suficientemente grande, pode ser feita uma incisão no interior da boca para remover o quisto. Como o paciente com uma glândula sublingual tem uma lesão no chão da boca, a abordagem cirúrgica depende do tamanho do quisto. O procedimento envolve fazer uma incisão curva no aspecto lateral da prega sublingual na direcção das condutas, de anterior para posterior, e inserir um hemostato curvo na incisão para fazer uma dissecção romba para expor a glândula sublingual e o quisto. Quando a glândula sublingual é exposta, o tecido é gradualmente separado para o libertar, resultando na remoção completa da glândula sublingual e do cisto. Após a remoção do tecido, a ferida é lavada com soro fisiológico para parar a hemorragia e a incisão da mucosa no chão da boca é finalmente fechada e é colocada uma faixa de drenagem. Se o quisto for grande ou se espalhar para outras áreas, é feita uma incisão sob o maxilar do paciente para remover o quisto.