As causas dos cistos renais não são actualmente muito claras, a etiologia é bastante complicada e acredita-se geralmente que podem estar relacionadas com os seguintes factores: 1. displasia congénita; 2. mutação genética: pode ser no processo de formação embrionária que os genes mudem e formem cistos renais devido à acção de vários factores; 3. infecção: pode estar relacionada com infecção do tracto respiratório superior, infecção do tracto urinário, infecção do tracto gastrointestinal, etc., mas se é uma infecção bacteriana ou infecções virais, todas podem ter certos efeitos sobre os cistos renais; 4, toxinas: toxinas comuns tais como pesticidas, certos agentes químicos, especialmente drogas com certa nefrotoxicidade, etc.; 5, dieta: maus hábitos alimentares podem também ter um papel no processo de ocorrência, desenvolvimento e alterações dos cistos renais.