Os doentes com fungos das unhas com crescimento bacteriano anaeróbio localizado podem ser desinfectados com peróxido de hidrogénio para matar as bactérias anaeróbias localizadas. A maioria dos doentes com fungos das unhas tem inflamação aguda ou crónica devido ao crescimento localizado das unhas na carne. Em casos de fungo das unhas com infecção por Staphylococcus aureus, a desinfecção com peróxido de hidrogénio não mata as bactérias. Portanto, quando há inflamação local, o tratamento pode ser reforçado pela aplicação tópica contínua de gaze iodada a 0,5% e de anti-inflamatórios orais como amoxicilina. Se a infecção das unhas for acompanhada por um abcesso localizado, o efeito da medicação é muitas vezes fraco e a incisão cirúrgica do abcesso e a remoção das unhas pode ser considerada para curar a infecção das unhas.