A boca em si não causa mau hálito, mas as doenças na boca podem causar mau hálito. Para além das doenças sistémicas do sistema digestivo e respiratório, a maioria das doenças que causam mau hálito são provavelmente de origem oral. Mais comuns são as doenças periodontais, tais como a periodontite crónica, a gengivite necrosante e as infecções pós-extracção, todas elas podendo causar mau hálito. Em termos simples, mau hálito refere-se ao odor da boca. A presença de lesões infectadas na boca significa que existe um elevado nível de bactérias patogénicas na boca. Uma grande proporção das bactérias patogénicas na cavidade oral são anaeróbias, e entre elas está a presença de uma bactéria anaeróbia conhecida como Podococcus aeruginosa, que por sua vez decompõe substâncias na boca para produzir um gás contendo enxofre, e este gás conterá um odor distinto, o que resulta em mau hálito. Da mesma forma, a inflamação em áreas incluindo a cavidade nasal e os seios maxilares também pode causar um odor na boca através da cavidade oral. Para todas estas condições, a causa precisa de ser identificada e tratada.