Os sintomas comuns de infecções fúngicas intracranianas causam principalmente o desenvolvimento de febre alta central, temperatura corporal elevada, dores de cabeça, alguns pacientes podem também experimentar sintomas como confusão e irritabilidade, e alguns pacientes podem também sofrer convulsões focais. Em casos graves de infecção intracraniana, o paciente pode também sofrer de convulsões e perda de consciência, frequentemente com aumento da pressão intracraniana, dores de cabeça graves, náuseas e vómitos. As infecções fúngicas intracranianas são observadas principalmente em doentes com um baixo nível de resistência e as infecções intracranianas são relativamente difíceis de tratar. Isto deve-se à dificuldade em diagnosticar infecções intracranianas, o que requer repetidas punções lombares do líquido cefalorraquidiano para culturas fúngicas. Contudo, mesmo num hospital de cuidados terciários, a taxa de cultura positiva pode ser apenas de cerca de 10%, e como existe uma barreira hemato-encefálica no cérebro, muitos medicamentos antifúngicos estão concentrados no sangue, mas não no líquido cefalorraquidiano, o que dificulta o tratamento.