Na prática clínica, muitos pacientes têm hipotermia prolongada sem causa detectável. Uma temperatura prolongada entre 37,4 e 38,4°C durante mais de um mês é chamada hipotermia prolongada. Em segundo lugar, outras doenças infecciosas, tais como colecistite ou hepatite viral nos órgãos internos, e inflamação crónica do sistema urinário, podem levar à ocorrência de hipotermia prolongada, que pode não ser detectada sem exame cuidadoso. Em terceiro lugar, algumas doenças do sistema reumático podem também levar à ocorrência de hipotermia prolongada, tais como doença do tecido conjuntivo ou artrite reumatóide, o que pode levar à possibilidade de hipotermia em doentes.