As injecções de amenorreia têm muitos efeitos secundários e não são recomendadas se não forem necessárias. Primeiro, as injecções de amenorreia podem afectar a função ovariana, resultando em flutuações nos níveis hormonais e perturbações endócrinas que podem levar a distúrbios menstruais e distúrbios menstruais. Em segundo lugar, após a injecção de amenorreia, a síndrome menopausal será óbvia, tais como afrontamentos, palpitações, tonturas, insónia, tinido e outras perturbações autónomas, falta de concentração, irritabilidade, depressão, perda de memória, etc. Em casos graves, pode afectar o trabalho, a vida e o sono. Num futuro distante, podem ocorrer sintomas de atrofia do tracto geniturinário, tais como dificuldades nas relações sexuais, infecções vaginais recorrentes e infecções do tracto urinário, e um risco acrescido de osteoporose, demência e doenças cardiovasculares.