Existem dois tipos principais de tratamento para a enterocolite hemorrágica, o tratamento não cirúrgico, que inclui o tratamento geral com repouso e jejum. O repouso completo na cama e o jejum devem ser dados durante o período de dor abdominal, sangue nas fezes e febre até que o vómito pare, o sangue nas fezes é reduzido e a dor abdominal é aliviada antes de uma dieta líquida ser alimentada, que é gradualmente aumentada mais tarde. Líquidos altamente nutritivos, tais como 10% de glucose, aminoácidos compostos e proteínas hidrolisadas, devem ser suplementados por via intravenosa durante o período de jejum. A ingestão prematura de alimentos pode levar a uma recaída da doença, mas uma retoma demasiado tardia dos alimentos pode afectar o estado nutricional e atrasar a recuperação. A descompressão gastrointestinal pode ser feita para distensão abdominal grave e vómitos, e podem ser administrados medicamentos antiespasmódicos para dores abdominais. Além disso, deve ser prestada atenção à correcção de distúrbios hidroelectrolíticos. A perda de água, perda de sódio e perda de potássio são mais comuns nesta doença, e as infusões totais e componentes podem ser dadas de acordo com a condição. Além disso, é importante resistir ao choque e repor rapidamente o volume de sangue efectivo. Para além de suplementar a solução cristalóide, colóides apropriados tais como plasma, sangue total fresco e albumina sérica humana devem ser transfundidos, e aqueles cuja pressão arterial não aumenta podem ser tratados com drogas vasoativas. Além disso, é necessário combinar antibióticos para controlar a infecção no tracto intestinal, o que pode reduzir os sintomas clínicos. Os antibióticos mais utilizados são aminobenzilpenicilina, cloranfenicol, gentamicina e canamicina. Além disso, devem ser aplicadas hormonas adrenocorticotrópicas, que podem reduzir os sintomas tóxicos e suprimir as reacções alérgicas, e são também úteis na correcção do choque, mas existe o risco de agravar a hemorragia intestinal e desencadear a perfuração do intestino. Finalmente, o tratamento sintomático da dor. Aqueles com febre alta e irritabilidade podem receber oxigénio, antipiréticos, sedativos, e arrefecimento físico. Se o tratamento médico não for eficaz, o tratamento cirúrgico pode ser uma opção.