A grande maioria da enterocolite tem um bom prognóstico e pode ser curada clinicamente com tratamento sistemático, mas não se podem excluir casos individuais em que a condição se deteriora por várias razões que afectam a esperança de vida. Enterite é um termo clínico muito geral que inclui uma variedade de doenças, sendo a mais comum a enterite bacteriana, bem como a enterite tuberculosa, enterite viral, e enterite fúngica. Certas condições podem causar patologias graves e mesmo fatais, tais como diarreia severa e incontrolável e falha no reabastecimento de fluidos e iões o mais rapidamente possível, o que pode facilmente levar à desidratação e a perturbações iónicas que podem ser fatais. Há também doentes com doenças graves subjacentes, tais como doenças cardiovasculares, que podem ser fatais devido a um episódio de enterocolite.