A gastroscopia é geralmente indolor e é agora realizada principalmente através de gastroscopia indolor, o que pode reduzir muito o desconforto do paciente durante o procedimento. Durante uma gastroscopia é necessário inserir um tubo na garganta e o paciente precisa de respirar vigorosamente durante a inserção do tubo para evitar a abrasão da garganta. Se for realizada uma gastroscopia normal, podem ocorrer náuseas e vómitos neste momento. Os pacientes demasiado nervosos ou receosos podem optar por uma gastroscopia indolor, em que o paciente dorme durante o exame e não sentirá qualquer desconforto. Desde que opte por ir a um hospital normal, pode confiar nas competências do médico e não é particularmente desconfortável. Os pacientes podem reduzir ainda mais o desconforto cooperando activamente com o médico durante a gastroscopia ou pensando noutra coisa para se distraírem. Não deve comer ou fazer exercícios extenuantes 12 horas antes da gastroscopia e evitar fumar para evitar irritação da área da garganta, o que pode agravar o desconforto e tornar os resultados dos testes mais precisos.