Os exames de TC e RM da cabeça têm as suas próprias vantagens e desvantagens, e cada um deles é adequado para condições diferentes. É particularmente útil para pacientes com fracturas cranianas, hemorragia cerebral, tumores cranianos, lesões inflamatórias, malformações congénitas, lesões vasculares e doenças calcificadas, para as quais a TC é mais valiosa do que a RM. A TC não é muitas vezes uma opção para pacientes que têm metal no corpo, o que faz da TC uma vantagem. A RM é mais adequada para enfarte cerebral agudo, encefalite, doença desmielinizante, tumores arteriais, lesões da matéria branca, hematomas, anomalias congénitas do cérebro e perturbações do sistema nervoso central, onde a relação entre a lesão e os vasos sanguíneos adjacentes pode ser observada com maior precisão. Além disso, o CT tem a vantagem de um tempo de exame mais curto, resultados mais rápidos e custos mais baixos. As vantagens da RM são que o instrumento é mais sofisticado, as imagens são mais detalhadas, a resolução dos tecidos moles é melhor, e a imagem multi-parâmetros e multidireccional é possível, permitindo a detecção de lesões mais subtis, mas o custo é relativamente mais elevado.