Quando a diarreia ocorre após a toma de antibióticos, deve-se principalmente ao facto de os antibióticos desempenharem um papel antibacteriano e bactericida após a entrada no tracto intestinal, pelo que também destruirá a flora normal do tracto intestinal, resultando em diarreia devido à disbiose da flora intestinal. O ambiente microecológico no tracto intestinal é mantido pela flora intestinal normal, e a flora normal pode desempenhar um papel na ajuda à digestão, uma vez que a disbiose da flora pode levar à diarreia, e em casos graves pode mesmo causar doenças infecciosas. Assim, se a diarreia ocorrer durante a toma de antibióticos, pode ficar temporariamente sem tratamento e pode ser aliviada por si só após a interrupção da medicação. Se a diarreia for pesada ou não aliviar após um período de tempo, é melhor tratá-la com medicação anti-diarreica e probióticos para restaurar a flora intestinal. No entanto, ter cuidado para não tomar antibióticos e probióticos ao mesmo tempo, e tomá-los com pelo menos 2-3 horas de intervalo.