O exame do esfregaço de tuberculose é o padrão de ouro para o diagnóstico da tuberculose. No entanto, há muitos pacientes com tuberculose que testaram repetidamente negativo para esfregaços de tuberculose, o que é particularmente comum na prática clínica e torna difícil o diagnóstico da tuberculose. Neste momento, pode ser feito um juízo preliminar com base nos sintomas clínicos do paciente e combinado com a imagem do pulmão do paciente, e também pode ser feito um diagnóstico com base em testes como a broncoscopia fibrosa, o teste de tuberculina, e o teste de libertação de interferão gama. Por vezes é difícil distinguir a tuberculose da pneumonia e do cancro do pulmão em termos de sintomas da doença e de imagiologia, pelo que os médicos precisam de ser ricos em experiência clínica.