A colonoscopia propriamente dita demora geralmente cerca de 15-20 minutos. Dois dias antes da colonoscopia, os pacientes devem tentar escolher alimentos líquidos e com baixo teor de gordura e evitar substâncias com alto teor de fibra e gordura. É também importante tomar uma quantidade adequada de medicação laxante 12 horas antes do exame para ajudar a limpar o conteúdo intestinal e assegurar que o exame é realizado sem problemas. Durante a colonoscopia, um endoscópio é inserido no recto. Uma câmara em miniatura na ponta do tubo permite visualizar a estrutura interna de todo o tecido intestinal. Se necessário, são colhidas amostras de tecido de pólipos ou outros tipos de tecido anormal no interior do intestino e são realizadas biópsias para fazer um diagnóstico definitivo do tipo de doença, fase patológica, etc. Este procedimento demora cerca de 15-20 minutos. Após o paciente ter sido submetido ao exame intestinal, necessita de permanecer na sala de recuperação durante cerca de 30 minutos para observação. Os pacientes podem sofrer reacções adversas tais como dor abdominal e inchaço durante algumas horas após a colonoscopia. Actividades de marcha moderadas podem ajudar a aliviar o desconforto como inchaço e entupimento nesta altura. Os doentes com dores abdominais persistentes, febre ou fezes com sangue devem ser vistos de novo rapidamente para evitar consequências adversas.