Em circunstâncias normais, a colonoscopia em hospitais regulares geralmente não provoca infecções cruzadas, os hospitais têm rotineiramente uma secção de desinfeção, toda a utilização de instrumentos é desinfectada e esterilizada de forma qualificada antes de ser utilizada, a Comissão Nacional de Saúde e os hospitais são muito rigorosos no controlo das infecções hospitalares. Os hospitais têm duas medidas principais para evitar a infeção cruzada: 1, de acordo com a Comissão Nacional de Saúde, os hospitais devem melhorar o exame de rotina pré-operatório ou de pré-triagem do paciente de indicadores infecciosos, geralmente incluindo hepatite B, sífilis, SIDA e hepatite C. Os resultados do exame mostram um resultado negativo, antes de continuar com a operação ou exame. Em caso de resultado positivo, os hospitais que dispõem de meios para o fazer esterilizam os espelhos após o exame e a cirurgia utilizando métodos especiais de desinfeção. Os hospitais que não dispõem de métodos especiais de desinfeção encaminharão os doentes para hospitais que disponham de métodos especiais de desinfeção para a realização do exame; 2. os hospitais cumprem rigorosamente a aplicação do sistema de gestão das infecções hospitalares e todos os artigos descartáveis envolvidos no exame serão reciclados e eliminados de acordo com os resíduos médicos após a sua utilização, e os instrumentos não descartáveis utilizados no exame serão rigorosamente esterilizados, e a mesa de operações e a sala de operações serão rigorosamente desinfectadas e esterilizadas, e irradiadas com lâmpadas ultravioletas após cada utilização. Em suma, geralmente não há necessidade de se preocupar com a infeção cruzada quando se realiza uma colonoscopia em hospitais normais, se as medidas de desinfeção forem perfeitas. Além disso, antes de efetuar a colonoscopia, deve seguir rigorosamente as instruções do médico para realizar o exame em causa, a fim de evitar a possibilidade de infeção cruzada.