A maioria das dores de barriga são causadas por movimentos hiperactivos do intestino, a presença de inflamação e desequilíbrio da flora, que são também os principais factores que causam diarreia. As dores de barriga e a diarreia coexistem sobretudo e são causadas principalmente pela presença de doenças no sistema intestinal. Em algumas pessoas, a dor de estômago é causada por disfunção intestinal e hiper-peristalse, que é acompanhada por diarreia porque a peristalse é demasiado rápida e o conteúdo do intestino é também expelido rapidamente durante a peristalse. Os factores inflamatórios são libertados quando há inflamação na mucosa intestinal, causando dor no estômago devido à irritação do músculo liso da parede intestinal. Os produtos metabólicos das bactérias nocivas em sobreprodução podem causar dor abdominal devido à irritação da parede intestinal, e as bactérias nocivas podem também estimular o peristaltismo intestinal e afectar a absorção intestinal, provocando assim diarreia.