Se a queratite não for controlada após medicação adequada, o tecido do estroma da córnea continua a necrosar e a desprender-se devido a uma combinação complexa de toxinas bacterianas e factores imunológicos, a úlcera continua a progredir cada vez mais profundamente e, além disso, ocorre perfuração no local da úlcera da córnea. Se não for efectuado um transplante de córnea terapêutico, a inflamação expande-se rapidamente para o olho, acabando por provocar uma oftalmoplegia total e a perda do olho. Se se optar por um transplante de córnea lamelar quando a lesão ainda não invadiu toda a córnea, o tecido doente pode ser removido e a rejeição imunitária pós-operatória pode ser reduzida. Se a lesão já tiver invadido toda a córnea, o transplante penetrante da córnea é efectuado para remover completamente o tecido doente e controlar a inflamação, de modo a evitar a perfuração da córnea e salvar o olho. No entanto, uma vez que o transplante de córnea é realizado num estado de extrema congestão e inflamação, existe a possibilidade de recorrência da inflamação após a cirurgia; além disso, a inflamação e a congestão aumentam a possibilidade de rejeição imunitária do transplante de córnea. Por isso, a medicação pós-operatória deve ser rigorosamente seguida e o acompanhamento atempado.