No rim em ferradura, os dois pólos inferiores do rim são maioritariamente fundidos antes da coluna vertebral para formar um istmo, o ureter está ligado à pélvis renal a um nível elevado, com rotação renal deficiente e cada grupo de calicídios virado para a parte dorsal. Os rins são portanto inferiores ao normal e o pólo superior do rim é mais lateralmente posterior, tornando difícil localizar o acesso à punção para a nefrolitotomia percutânea. O aperfeiçoamento do exame CTU antes da cirurgia para compreender a relação anatómica entre a pedra e o sistema colector permite também um tratamento PCNL minimamente invasivo das pedras nos rins em ferradura. Como o ureter superior atravessa o istmo anterolateralmente para viajar e se liga à pélvis renal, a UPJ é inclinada e a secção do funil do cálice é estreita, dificultando a drenagem de pedras residuais por si só após a cirurgia, especialmente pedras no cálice renal inferior, pelo que todas as pedras devem ser removidas tanto quanto possível durante a cirurgia, e a litotripsia multi-canal deve ser realizada para recuperar pedras se necessário.