Existem dezenas de biliões de microrganismos na superfície do corpo e no corpo, que juntamente com os seres humanos formam um “superorganismo”. Estes micróbios não são apenas espectadores, eles evoluíram connosco para participar nas actividades normais da vida do corpo e para manter o equilíbrio do ambiente interno. Os desequilíbrios na microbiota digestiva estão associados à susceptibilidade a muitas doenças, incluindo a obesidade, doenças malignas, doenças hepáticas e perturbações do tracto digestivo. Está bem estabelecido que existe uma ligação directa ou indirecta entre a microbiota e a resposta imunitária do hospedeiro, e os mecanismos da sua interacção são um dos temas quentes da investigação actual. Há provas crescentes de que alterações na microbiota estão associadas a certas doenças auto-imunes, tais como diabetes tipo I, doença celíaca e artrite reumatóide. Na artrite reumatóide há alterações na composição e diversidade da flora, tanto em modelos animais da doença como em pacientes. As intervenções artificiais na composição da flora de modelos animais de doença podem alterar a gravidade da doença. Entre a artrite reumatóide, pensava-se inicialmente que a periodontite estava associada à doença, e a extracção de dentes era mesmo popular no início do século XX como tratamento para a artrite reumatóide. Estudos actuais têm encontrado uma maior incidência de periodontite em pessoas com artrite reumatóide, mesmo em populações com o mesmo estado de higiene. Entre outras coisas, a infecção com Porphyromonas gingivalis desencadeia a produção de auto-anticorpos anti-cíclicos de citrulina na artrite reumatóide e pode, portanto, ser uma causa de artrite reumatóide. Além disso, descobriu-se que as bactérias respiratórias e intestinais têm mecanismos patológicos associados à artrite reumatóide. No entanto, a questão de saber se a disbiose microbiota causa artrite reumatóide ou artrite reumatóide causa disbiose microbiana permanece por resolver. A investigação do papel dos micróbios na artrite reumatóide pode fornecer novos conhecimentos sobre o desenvolvimento da doença, a sua progressão e o desenvolvimento de novos tratamentos.