Para pacientes com diagnóstico precoce e tratamento da encefalite do vírus do herpes simplex, o seu prognóstico é melhor e a maioria deles pode ser curada, mas alguns pacientes podem ficar com sequelas, e se os pacientes falharem o diagnóstico ou o tratamento, o seu prognóstico é pobre e a taxa de mortalidade chega a atingir 60-80%.