Na pneumonia adquirida em hospital, os organismos causadores mais comuns são ainda os bacilos Gram-negativos, tais como Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Acinetobacter baumannii, Haemophilus influenzae, etc. Os bacilos gram-negativos representam cerca de 60% do total, e as bactérias resistentes aos medicamentos são as mais comuns, o que torna mais difícil o seu tratamento. As bactérias Gram-positivas não são incomuns, frequentemente Staphylococcus aureus, que é dominada pelo Staphylococcus aureus resistente à meticilina, mas também Streptococcus pneumoniae, enterococos, estafilococos coagulósicos-negativos, etc. Alguns doentes podem ter infecções mistas, que podem ser combinadas com micoplasma, clamídia, legionella, infecções anaeróbias. Alguns pacientes com pneumonia hospitalar podem por vezes ter uma combinação de Mycobacterium tuberculosis ou infecções fúngicas, o que pode tornar a sua condição mais complexa e grave. Portanto, o tratamento anti-infeccioso da pneumonia hospitalar deve basear-se tanto quanto possível no agente causador, e devem ser seleccionados medicamentos anti-infecciosos eficazes.