Quando um doente é diagnosticado com pneumonia, o microrganismo causador é avaliado e o tratamento adequado é administrado dependendo do microrganismo causador. Os microrganismos patogénicos comuns na prática clínica incluem bactérias, vírus, e bactérias patogénicas atípicas. Se um doente apresentar glóbulos brancos elevados, proteína C reactiva, e calcitoninogénio, uma infecção bacteriana é considerada neste momento e requer tratamento com antibióticos. Em casos ligeiros, é administrada cefixima oral, amoxicilina, e outros antibióticos relacionados. Em casos graves, cefazolina de sódio, cefodizima, levofloxacina, etc., podem ser administrados por via intravenosa. Se o doente tiver diminuição dos glóbulos brancos, pode ser usado anticorpo viral positivo ou teste de ácido nucleico viral, antivirais ou antipiréticos, tais como Abidor, Oseltamivir, cápsula de Lianhua Qingfei, Qingkai Ling, etc., e pode ser administrado tratamento sintomático. Se a pneumonia for causada por bactérias patogénicas atípicas, podem ser administrados antibióticos orais tais como macrolídeos ou quinolonas.