A grande maioria dos quistos da tiróide pode ser tratada de forma conservadora e não necessita de cirurgia. A gestão dos quistos começa com a aspiração do fluido cístico por punção. Após a remoção do fluido, é realizada uma punção fina na porção parenquimatosa do quisto para determinar a sua natureza. Se o resultado for benigno, apenas é indicado o seguimento ou a supressão de tiroxina. Se se encontrarem células cancerosas ou células cancerosas suspeitas no líquido do cisto ou na parte parenquimatosa do abcesso, é necessário um tratamento cirúrgico. Como os quistos da tiróide são na maioria dos casos benignos, podem ser tratados conservadoramente sem cirurgia, incluindo a simples aspiração de agulha fina, se o cisto for curado após uma única aspiração, e noutros casos, se o cisto voltar após a aspiração, pode ser perfurado novamente após 2-4 semanas. A escleroterapia envolve aspiração do líquido cístico e injecção de agente esclerosante na cavidade cística. O líquido aspirado é submetido a exame patológico de rotina e, se necessário, teste de hormona paratiróide (PTH) para excluir os cistos paratiróide.