A litotripsia extracorpórea não causa muitos danos no rim porque utiliza principalmente ondas de choque extracorporais para conseguir o efeito de romper as pedras no corpo do paciente. Os danos nos rins causados pela litotripsia extracorpórea são principalmente causados pelos danos nos pequenos vasos sanguíneos do rim causados pelas pedras esmagadas durante o processo de litotripsia, que se manifesta principalmente como sintomas de hemorragia, mas pode normalmente ser aliviado por si só em 1-2 dias. O dano global é menor e o procedimento pode ser realizado enquanto o paciente está acordado sem necessidade de anestesia, o que também evita os riscos associados à anestesia. Embora uma única litotripsia extracorpórea não seja demasiado prejudicial para os rins e corpo do paciente, pode ser prejudicial para os rins do paciente se este for submetido a uma litotripsia extracorpórea frequente dentro de um curto período de tempo. Por esta razão, os médicos realizam normalmente a litotripsia extracorpórea com 1-2 semanas de intervalo e não demasiadas vezes. Os pacientes são aconselhados a beber muita água após a litotripsia. Os pacientes podem sentir dor durante o processo de litotripsia.