A colonoscopia é realizada através da remoção de fezes e outras substâncias do trato intestinal e da observação do estado do cólon e da cavidade rectal. Normalmente, é necessário abster-se de comer durante 3 a 7 dias após a colonoscopia. Se forem detectados pólipos ou nódulos na cavidade colorrectal, a polipectomia ou a biopsia dos nódulos pode ser realizada diretamente sob o colonoscópio. Se não for detectada qualquer anomalia após a colonoscopia, é normalmente necessário evitar comer durante cerca de 3 dias, porque a colonoscopia é um procedimento invasivo e pode causar alguns danos na mucosa intestinal. Se forem efectuados procedimentos invasivos durante a colonoscopia, como a remoção de pólipos, o tempo de recuperação do intestino do doente é normalmente de cerca de 7 dias. Após a colonoscopia, deve repousar durante 2 horas antes de sair do hospital. Quando o ar for libertado, pode fazer uma dieta líquida ou semi-líquida e evitar comer alimentos duros, picantes e irritantes para evitar hemorragias ou reacções inflamatórias no intestino.