Para uma colonoscopia, o paciente precisa de ter o estômago vazio e abster-se de alimentos ricos em fibras grosseiras e comer uma dieta leve durante 3 dias antes do exame. Para além do jejum, o paciente também precisa de limpar o intestino. Isto é feito bebendo laxantes para remover a matéria fecal do canal anal, recto e cólon para assegurar que o intestino está vazio, para que os resultados não sejam afectados por qualquer matéria fecal deixada no intestino. É normalmente só depois do intestino ter sido limpo e preparado com o estômago vazio que uma colonoscopia pode ser realizada para ver se existem quaisquer alterações patológicas no tecido mucoso dentro do intestino, tais como congestão, edema, erosão e quaisquer pólipos ou crescimento de tumores. Através da colonoscopia, o médico pode determinar com precisão o estado do paciente e assim formular um plano de tratamento adequado para evitar a possibilidade de lesões graves ou atrasos. Depois de o paciente limpar o intestino com o estômago vazio, além de facilitar o exame, também facilita o tratamento, tal como a remoção de pólipos no caso de pólipos intestinais, que pode ser realizada por colonoscopia. Se o paciente não estiver preparado para acelerar e limpar o intestino, isto pode resultar numa má visualização do intestino quando o colonoscópio entrar no intestino devido à acumulação fecal, o que pode não permitir a detecção atempada da doença e pode facilmente levar a erros de diagnóstico. Além disso, a limpeza incompleta do intestino pode resultar em danos na lente do colonoscópio. Portanto, para bem da sua saúde e da integridade do equipamento de colonoscopia, os pacientes devem jejuar e limpar os seus intestinos antes da colonoscopia.