Mecanismos como a reparação de células cerebrais danificadas e a remodelação compensatória da função das células cerebrais devem funcionar eficientemente num estado estável do ambiente interno do cérebro. A integridade do crânio e a estabilidade do conteúdo craniano (tecido cerebral, sangue, líquido cefalorraquidiano) são a base para a manutenção de um ambiente interno estável para a função cerebral. Alterações no confinamento craniano, alterações no volume do tecido cerebral, aumento ou diminuição do fornecimento de sangue e alterações no fluxo circulatório do líquido cefalorraquidiano podem levar a perturbações no ambiente intracraniano. As complicações comuns de defeitos cranianos, hidrocefalia, fluido intracraniano, e atrofia do tecido cerebral após uma lesão cerebral são todos impedimentos à recuperação da função cerebral. A gestão destas complicações é o processo de reconstrução estrutural do crânio e do cérebro, que só pode ser alcançado após a reconstrução estrutural do crânio e das células cerebrais ter sido reparada e reconstruída a sua função. A avaliação e gestão destas complicações deve ser concluída antes da implementação da formação de reabilitação, a fim de assegurar a mais eficiente e máxima recuperação das funções cerebrais danificadas. Para usar uma analogia, o confinamento craniano é como o sistema de ar condicionado de uma sala, o fluxo de sangue cerebral é como o sistema eléctrico de uma sala, e a circulação do líquido céfalo-raquidiano é como o sistema de água e esgotos de uma sala. Só quando todos estes sistemas forem regulados para um estado de funcionamento estável é que a sala será uma sala que funciona bem e as células cerebrais que nela vivem estarão vivas.