O método atual de rastreio do HPV consiste em fazer um teste direto das secreções cervicais. Para as mulheres, a infeção por HPV localiza-se principalmente no colo do útero, causando neoplasia intra-epitelial cervical ou cancro do colo do útero, enquanto a infeção por HPV de baixo risco também pode levar a verrugas genitais localizadas. Por isso, em vez de colher sangue de uma veia, o rastreio das secreções cervicais é feito diretamente para confirmar a presença de infeção por HPV. O teste de quantificação do HPVDNA pode ser efectuado nesta altura, bem como o teste de tipagem do HPV, que é utilizado para determinar o tipo de infeção por HPV presente e para diferenciar entre infecções de alto e baixo risco. Isto porque as infecções de alto risco e de baixo risco afectam as mulheres de forma diferente. Por exemplo, no caso de uma infeção por HPV de alto risco, será necessário realizar um TCT para excluir a neoplasia intra-epitelial cervical ou o cancro do colo do útero, e até mesmo uma biópsia colposcópica para confirmar o diagnóstico. No entanto, no caso de infeção por HPV de baixo risco com crescimentos semelhantes a couve-flor, é normalmente necessário remover os crescimentos e enviá-los para exame para confirmar o diagnóstico de condiloma acuminado. Se o resultado for positivo, é necessário efetuar um teste quantitativo de HPVDNA ou um teste de tipagem do HPV; se a infeção for por HPV de alto risco, é necessário efetuar um teste TCT e, se a infeção for de baixo risco com organismos supérfluos, é necessário remover os organismos supérfluos para exame patológico.