Diferentes microrganismos podem causar doenças muito diferentes, e os processos pelos quais danificam o organismo são diferentes. Todos nós conhecemos doenças infecciosas crónicas como a tuberculose, a hepatite, a SIDA, as verrugas, a lepra, a uretrite, etc. Por que razão persistem na prática clínica? Muitos microrganismos não podem ser completamente eliminados pela resposta imunitária, mas a maioria deles não é letal para nós, humanos. Estes micróbios persistiram nas populações durante centenas ou mesmo milhares de anos, são altamente evoluídos e atingiram um estado de compromisso com o sistema imunitário humano. Aprenderam a viver ao lado dos humanos, dependem de nós e utilizam-nos para sobreviver. Por exemplo, os gonococos têm muitos antigénios variáveis, como as proteínas do pelo bacteriano, que são codificadas por vários genes diferentes, dos quais apenas um pode ser expresso. O gene silenciado substitui, de tempos a tempos, o gene ativado a jusante do promotor da bacteriorhodopsina. Assim, pode ajudar os gonococos a escapar a ataques imunitários específicos. As espiroquetas pálidas que causam a sífilis têm as nossas moléculas humanas encapsuladas na sua superfície, e também estas moléculas só são libertadas depois de terem infetado os tecidos, pelo que não é possível desenvolver uma imunidade humoral eficaz. Por outro lado, o HPV, que causa as verrugas, é quase impossível de gerar uma resposta imunitária porque é difícil de ser reconhecido pelo sistema imunitário do organismo.