O septo transvaginal é uma doença congénita defeituosa. O septo vaginal transversal é uma placa vaginal que evolui durante o crescimento embrionário a partir do seio urogenital, o bulbo vaginal, em direcção à extremidade cefálica, e é obstruído na sua luminalização de baixo para cima, e não passa ou não é totalmente luminalizado. Ocorre frequentemente na junção do terço superior e médio da vagina, mas também em qualquer parte da vagina, até à ponta da vagina, perto do colo do útero. O septo transversal completo é raro e pode resultar em atresia vaginal; existe normalmente um pequeno orifício no aspecto central ou lateral do septo, que varia em tamanho. O septo vaginal transversal é o resultado da placa vaginal que evolui durante a vida embrionária a partir do seio urogenital, o bulbo vaginal, que prolifera e cresce cefalada, e é obstruído durante a luminalização de baixo para cima, com o septo vaginal transversal não penetrando ou não totalmente luminalizado. Ocorre frequentemente na junção do terço superior e médio da vagina, mas também pode ocorrer em qualquer parte da vagina até à ponta da vagina, perto do colo do útero. Pode ser devido ao facto de a extremidade caudal da trompa paramediana de ambos os lados não estar ligada ao seio urogenital. O septo transversal completo é raro e pode resultar em atresia vaginal; existe normalmente um pequeno orifício no aspecto central ou lateral do septo, que varia em tamanho e interfere com a drenagem do líquido vaginal e do sangue menstrual.