O septo vaginal transversal é o resultado de uma placa vaginal que evolui durante a vida embrionária a partir do seio urogenital, o bulbo vaginal, que prolifera e cresce cefalada, e é obstruído na sua luminalização de baixo para cima, resultando numa luminalização incompleta ou incompleta do septo vaginal transversal. Ocorre frequentemente na junção do terço superior e médio da vagina, mas também pode ocorrer em qualquer parte da vagina até à ponta da vagina, perto do colo do útero. Pode ser devido ao facto de a extremidade caudal da trompa paramediana de ambos os lados não estar ligada ao seio urogenital. O septo transversal completo é raro e pode resultar em atresia vaginal; existe normalmente um pequeno orifício no aspecto central ou lateral do septo, que varia em tamanho e interfere com a drenagem do fluido vaginal e do sangue menstrual. O septo vaginal transversal é o resultado de uma placa vaginal que evolui durante a vida embrionária a partir do seio urogenital, o bulbo vaginal, que prolifera e cresce em direcção à extremidade cefálica, e é obstruído na sua luminalização de baixo para cima, com o septo vaginal não penetrando ou não totalmente luminalizado. O septo transversal pode ocorrer na parte superior da vagina e pode ser parcialmente atrevido, o que não interfere com a vida sexual e permite a concepção, mas interfere com o parto do feto durante o trabalho de parto, pelo que deve ser realizada uma septotomia transversal durante o trabalho de parto. A presença ou ausência de sintomas clínicos do septo vaginal depende, em primeiro lugar, da presença ou ausência de um pequeno orifício no septo e, em segundo lugar, da altura da sua posição. A espessura também varia, sendo alguns septos vaginais muito finos e semelhantes a papel e outros mais espessos. A maioria tem um pequeno orifício no centro do septo, que por vezes só pode ser passado através de uma sonda fina, de modo a que o sangue menstrual possa fluir sem sintomas até depois do casamento, quando a cabeça do feto está obstruída devido a dificuldades com as relações sexuais ou durante o parto. Se não houver buraco no septo, os sintomas podem ocorrer uma vez que o sangue menstrual fique preso após a menarca. Ao examinar um septo vaginal transversal, a primeira coisa a procurar é um pequeno buraco no septo (frequentemente na parte central), e se houver um buraco, uma sonda pode ser inserida no septo para investigar a largura e profundidade da vagina acima do buraco. O septo vaginal incompleto é comum e é muitas vezes esquecido porque não é clinicamente sintomático.