O septo transvaginal é uma doença congénita defeituosa. O septo vaginal transverso é uma placa vaginal que evolui durante o crescimento embrionário a partir do seio urogenital, o bolbo vaginal, em direção à extremidade cefálica, e que se encontra obstruída na sua luminalização de baixo para cima, não passando ou não estando totalmente luminalizada. Ocorre frequentemente na junção do terço superior e médio da vagina, mas pode ocorrer em qualquer parte da vagina até à ponta da vagina, perto do colo do útero. O septo transverso completo é raro e pode resultar em atresia vaginal; existe normalmente um pequeno orifício no centro ou na parte lateral do septo, que varia em tamanho. Na ausência de um orifício no septo vaginal, pode haver dor periódica no abdómen inferior sem menstruação; no caso de um orifício pequeno, pode haver um fluxo menstrual fraco e, no caso de um septo localizado na parte inferior ou média da vagina, pode haver relações sexuais insatisfatórias. Algumas doentes podem não apresentar sintomas clínicos. A primeira coisa a observar é a localização do septo, que raramente é baixa, e a presença de um pequeno orifício no septo (frequentemente na parte central). Se houver um orifício, uma sonda uterina pode ser inserida no orifício para investigar a largura e a profundidade da cavidade vaginal acima do pequeno orifício; se não houver orifício, uma agulha grossa pode ser usada para perfurar o orifício, observando a profundidade da penetração ao retirar o sangue acumulado para estimar a espessura do septo e, em seguida, uma sonda cirúrgica pode ser inserida através do orifício de punção para entender a largura e a profundidade da cavidade vaginal acima do septo para um diagnóstico definitivo. O septo vaginal transverso deve ser diferenciado da atresia himenal. A diferenciação é fácil com base nos sintomas e no exame ginecológico. No entanto, nos casos de atresia completa, os sintomas são essencialmente os mesmos que os da atresia himenal.