Se houver excesso de líquido amniótico ou movimento fetal anormal durante a gravidez, isto deve ser levado a sério. A ecografia pré-natal pode frequentemente indicar uma patologia suspeita. O diagnóstico pode ser feito com referência aos resultados da ecografia pré-natal e aos sinais cirúrgicos óbvios presentes após o nascimento, combinados com os sintomas típicos de vómito, incapacidade de alimentação, distensão abdominal e ausência de produção fecal normal após o nascimento, e com as investigações acessórias necessárias, tais como película abdominal lisa, ecografia abdominal e imagem gastrointestinal. Outras doenças com sintomas semelhantes à atresia intestinal congénita são relativamente raras e devem ser diferenciadas da distensão abdominal funcional e do vómito na medicina interna. Além disso, algumas doenças genéticas metabólicas que causam distensão abdominal e vómitos também requerem atenção. O megacólon cólico total congénito comum, estenose intestinal congénita e outras obstruções intestinais completas e mecânicas também podem causar manifestações clínicas semelhantes e precisam de ser diferenciadas.