A selecção de medicamentos anti-epilépticos baseia-se numa combinação do tipo de convulsão do paciente, sexo, idade, estado funcional físico, tempo necessário para o medicamento funcionar, e possíveis efeitos adversos do medicamento, com o objectivo de conseguir um controlo seguro e eficaz da convulsão e melhorar a qualidade de vida do paciente. O valproato de sódio tem o potencial de aumentar o risco de distúrbios menstruais, ovários policísticos, infertilidade, e também a incidência de malformações fetais; por conseguinte, deve ter-se cuidado com as mulheres em idade fértil que tomam este fármaco. O crescimento do cabelo é muito comum com o uso prolongado de fenitoína de sódio, e para as pacientes adolescentes do sexo feminino, o aumento do crescimento de pêlos no corpo e do bigode à volta dos lábios será muito embaraçoso. O uso a longo prazo de fenobarbital e clonazepam na infância pode levar a sonolência, desatenção, perda de memória, hiperactividade, excitação, comportamento agressivo, etc., que têm um grande impacto na função cognitiva das crianças, e os fármacos acima mencionados não devem ser usados a longo prazo em doentes com epilepsia infantil. A carbamazepina, fenitoína de sódio, oxcarbazepina e outras drogas indutoras de enzimas hepáticas podem afectar o metabolismo dos andrógenos no corpo e reduzir a função sexual masculina. Fenobarbital e Valium também podem afectar a função sexual masculina através da neuro-inibição e causar impotência quando tomados durante um longo período de tempo. Alguns medicamentos podem ter reacções idiossincráticas, tais como alergia cutânea, diminuição dos glóbulos brancos, diminuição das plaquetas, e danos na função hepática. A grande maioria dos medicamentos anti-epilépticos tem o potencial de causar queda de leucócitos, com uma elevada incidência de carbamazepina, fenobarbital, e fenitoína de sódio. Além disso, carbamazepina, fenobarbital, fenitoína de sódio, oxcarbazepina, e lamotrigina podem causar uma possível erupção cutânea.