Normalmente, os doentes com desvio congénito do septo não pioram sem cirurgia. No entanto, se for causado por um traumatismo adquirido ou por outra doença, pode tornar-se cada vez mais grave sem cirurgia. A maioria dos desvios do septo é causada por anomalias congénitas do desenvolvimento, enquanto alguns doentes desenvolvem fracturas do septo devido a traumatismos nasais ou compressão por tumores nasais. Os desvios congénitos do septo estabilizam na idade adulta, pelo que os doentes com desvios congénitos do septo terão sintomas estáveis posteriormente. Em contrapartida, os doentes com desvios do septo nasal provocados por traumatismos ou tumores nasais podem apresentar desvios do septo nasal cada vez mais graves à medida que a doença progride e os sintomas de congestão nasal, corrimento nasal, hemorragia nasal, dores de cabeça e tonturas podem agravar-se. Por conseguinte, recomenda-se o tratamento ativo da doença primária e a realização paralela de uma cirurgia de correção do desvio do septo. Além disso, os doentes com desvio do septo devem ter em atenção a necessidade de manter a cavidade nasal húmida no dia a dia, não utilizar as mãos para tocar nas narinas, não assoar o nariz com demasiada força e evitar força excessiva ao espirrar.