Para a pneumonia intersticial idiopática, recomenda-se a biopsia pulmonar cirúrgica ou a biopsia pulmonar toracoscópica, devendo ser realizadas biopsias múltiplas sempre que possível, de modo a assegurar que a heterogeneidade da doença não conduza a um diagnóstico tendencioso. Devido ao elevado custo e dano das biópsias acima referidas, a população nacional está menos disposta a submetê-las, pelo que a broncoscopia e a biopsia percutânea guiada por TAC são realizadas em vez de procedimentos cirúrgicos ou toracoscópicos na maioria dos hospitais. De facto, o valor destes testes não é o seu significado diagnóstico, mas sim a exclusão de outras doenças. Deve notar-se que para alguns tipos típicos de pneumonia intersticial idiopática como a IPF, um pneumologista experiente pode dar um diagnóstico mais definitivo baseado em estudos clínicos e de imagem, e o valor diagnóstico dos estudos clínicos e de imagem é confirmado nas directrizes da IPF.